مطالعات و تحقیقات در مرکز پژوهش‌ها عمدتاً در دفاتر مطالعاتی  انجام می‌شوند. ساختار تشکیلاتی گروه‌های دفاتر مطالعاتی، مرکب از
یک مدیر‌، چندین محقق ارشد و دستیاران تحقیقاتی است. دفترها موظف به تعریف، نظارت و در صورت لزوم هدایت طرح‌های پژوهشی، تضمین هویت عمومی و تخصصی آن‌ها هستند؛ همچنین موظفند روند پیشرفت امور و دستاوردها و نتایج فعالیت‌ها را به معاونت پژوهشی منتقل کنند. گروه‌های پژوهشی، کانون‌های اصلی فعالیت‌‌های پژوهشی مرکز شناخته می‌شوند. همچنین «شورای مشاوران تخصصی» دفترها، دفترهای تخصصی را در زمینه‌های مختلف مطالعاتی از نظر ارزیابی فنی و علمی مطالعات انجام
یافته، حمایت می‌کند. مرکز پژوهش‌های مجلس دارای تعدادی دفتر تخصصی است. هر دفتر با یک یا چند کمیسیون مجلس مرتبط است. فعالیت‌های دفترها همچنین متناسب با حوزه وظایف آن‌ها با چند دستگاه اجرایی ارتباط می‌یابند.