دفتر مطالعات سیاسی یک مدیر، شورای مشاورین و سه گروه کاری دارد. هر گروه دارای یک مدیر، تعدادی کارشناس تمام وقت است. این گروه‌ها با شبکه ای از استادان دانشگاه، پژوهشگران و نهادهای غیردولتی مرتبط هستند و از مشاوره آنها بهره‌مند می شوند.

مطالعات و تحقیقات در دفتر مطالعات سیاسی عمدتاً در گروه‌های سه گانه‌، برنامه‌ریزی، مطالعه و انجام می‌شوند. ساختار تشکیلاتی دفتر مطالعات سیاسی، مرکب از یک مدیر‌، سه مسئول گروه، چندین محقق ارشد و دستیاران تحقیقاتی است. گروه‌ها موظف به تعریف، نظارت و در صورت لزوم هدایت طرح‌های پژوهشی، تضمین هویت عمومی و تخصصی آن‌ها هستند؛ همچنین موظفند روند پیشرفت امور و دستاوردها و نتایج فعالیت‌ها را به مدیر دفتر منتقل کنند. گروه‌های پژوهشی، کانون‌های اصلی فعالیت‌‌های پژوهشی دفتر شناخته می‌شوند. همچنین «شورای مشاوران تخصصی» دفتر، گروه‌های تخصصی را در زمینه‌های مختلف مطالعاتی از نظر ارزیابی فنی و علمی مطالعات انجام یافته، حمایت می‌کند. دفتر مطالعات سیاسی با کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس مرتبط است. فعالیت‌های دفتر همچنین متناسب با حوزه وظایف آن‌ها با چند دستگاه اجرایی ارتباط می‌یابند. در گروه‌های تخصصی‌، متناسب با وظایف و نیازهای کمیته‌های کمیسیون‌ امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس فعالیت‌های مختلفی صورت می‌گیرد که اهم آن‌ها عبارتند از:

ـ بررسی کارشناسی طرح‌ها و لوایحی که به مجلس ارائه می‌شوند؛

ـ انجام مطالعات و بررسی‌های لازم و تهیه پیش‌نویس قوانین که به صورت طرح‌های قانونی و از طریق نمایندگان به مجلس تقدیم می‌شود.

ـ تهیه گزارش‌های نظارتی درباره خلأ‌های قانونی یا ضعف‌های موجود در اجرای قانون

ـ ارزیابی عملکرد سالانه وزارتخانه‌های امورخارجه، کشور، اطلاعات، دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و ارائه نتایج آن‌ها به مجلس

ـ شرکت در جلسات کمیسیون‌ و کمیته‌های تخصصی آن به منظور ارائه مشاوره و پاسخگویی به درخواست‌های کمیسیون

ـ برقراری ارتباط با صاحبنظران و ایجاد شبکه‌ای از مشاوران علمی و با تجربه برای پاسخگویی به نیازهای مجلس، کمیسیون‌ امنیت ملی و سیاست خارجی و نمایندگان

ـ برگزاری نشست‌های تخصصی و سمینارهای علمی

ـ برگزاری جلسات مشترک کارشناسی با دستگاه‌های اجرایی برای نزدیک ساختن دیدگاه‌ها در سطوح کارشناسی و کاهش اختلافات در سطح تصمیم‌گیران

ـ ارتباط مستمر با نهادهای مدنی و غیردولتی برای آگاهی از نظرات گروه‌های ذی‌نفع در تدوین لوایح و طرح‌ها و نیز مشارکت آن‌ها در فرایند قانونگذاری و نظارت.