مطالعات و تحقیقات در مرکز پژوهش‌ها عمدتاً در دفاتر مطالعاتی انجام می‌شوند. ساختار تشکیلاتی گروه‌های دفاتر مطالعاتی، مرکب از مدیر‌، چندین محقق ارشد و دستیاران تحقیقاتی است. دفترها موظف به تعریف، نظارت و در صورت لزوم هدایت طرح‌های پژوهشی، تضمین هویت عمومی و تخصصی آن‌ها هستند؛ همچنین موظفند روند پیشرفت امور و دستاوردها و نتایج فعالیت‌ها را به معاونت پژوهشی منتقل کنند. گروه‌های پژوهشی، کانون‌های اصلی فعالیت‌‌های پژوهشی مرکز شناخته می‌شوند. همچنین «شورای مشاوران تخصصی» دفترها، دفترهای تخصصی را در زمینه‌های مختلف مطالعاتی از نظر ارزیابی فنی و علمی مطالعات انجام یافته، حمایت می‌کند. مرکز پژوهش‌های مجلس دارای مجموعاً 8 دفتر تخصصی است که هر دفتر مشمول چندین گروه تخصصی است که در مجموع 45 گروه به شرح ذیل فعالیت دارند:

معاونت پژوهش‌های اقتصادی و مدیریت
1. دفتر مطالعات اقتصادی
   1.1. گروه اقتصاد کلان و مدل‌سازی
   2.1. گروه تنظیم رقابت و محیط کسب‌وکار
   3.1. گروه بازارهای مالی
   4.1. گروه اقتصاد توسعه و بین‌الملل
   5.1. گروه بازرگانی
   6.1. گروه اقتصاد اموربخشی
2. دفتر مطالعات مالیه عمومی و توسعه مدیریت
   1.2. گروه مطالعات معماری نظام‌های کلان
   2.2. گروه توسعه مدیریت و امور استخدامی
   3.2. گروه بودجه
   4.2. گروه مالیه عمومی
   5.2. گروه اقتصاد امور عمومی
   6.2. گروه شرکت‌های دولتی و موسسات عمومی

معاونت پژوهش‌های زیربنایی و امور تولیدی
1. دفتر مطالعات انرژی، صنعت و معدن
   1.1. گروه انرژی
   2.1. گروه صنعت
   3.1. گروه معدن و صنایع معدنی
   4.1. گروه مخابرات و فناوری اطلاعات
   5.1. گروه توسعه فناوری و تجای‌سازی
2. دفتر مطالعات زیربنایی
   1.2. گروه محیط‌زیست و صنایع طبیعی
   2.2. گروه عمران و شهرسازی
   3.2. گروه کشاورزی و توسعه روستایی
   4.2. گروه حمل‌ونقل
   5.2. گروه آب

معاونت پژوهش‌های اجتماعی و فرهنگی
1. دفتر مطالعات آموزش و فرهنگ
   1.1. گروه زنان، خانواده و جوانان
   2.1. گروه فرهنگ عمومی، هنر و ارشاد اسلامی
   3.1. گروه میراث‌فرهنگی و گردشگری
   4.1. گروه رسانه و فضای مجازی
   5.1. گروه تولید علم و آموزش عالی
   6.1. گروه آموزش‌وپرورش و فنی‌وحرفه‌ای
2. دفتر مطالعات اجتماعی
   1.2. گروه آینده‌پژوهی و مهندسی فرهنگی – اجتماعی
   2.2. گروه سلامت
   3.2. گروه آسیب‌های اجتماعی
   4.2. گروه حمایت و تأمین اجتماعی و امور ایثارگران
   5.2. گروه توسعه تعاون و مشارکت‌های مردمی

معاونت پژوهش‌های سیاسی و حقوقی
1. دفتر مطالعات سیاسی
   1.1. گروه امنیتی – دفاعی
   2.1. گروه سیاست خارجی و مطالعات پارلمانی
   3.1. گروه سیاست داخلی
   4.1. گروه مطالعات انقلاب اسلامی
2. دفتر مطالعات حقوقی
   1.2. گروه حقوق جزا و جرم‌شناسی
   2.2. گروه حقوق بین‌الملل
   3.2. گروه حقوق مدنی
   4.2. گروه حقوق تجارت
   5.2. گروه حقوق عمومی
   6.2. گروه قانون آئین‌نامه داخلی مجلس
   7.2. گروه حقوق اساسی و اسناد بالادستی
   8.2. گروه تدوین و تنقیح قوانین